1. Conservar in vitro el patrimonio de la nación representativo de la diversidad de los recursos genéticos de HCFM que crecen en las diferentes regiones de México, estableciendo un programa continuo de mejoramiento genético.
  2. Realizar investigaciones básicas, aplicadas y socioeconómicas sobre los recursos genéticos nativos de HCFM, formando recursos humanos de alto nivel en este campo de conocimiento.
  3. Desarrollar procesos biotecnológicos, tecnologías e innovaciones para la producción a gran escala de inóculo, semilla mejorada, y nuevos productos de alto valor agregado a partir de los HCFM.
  4. Transferir los procesos, tecnologías e innovaciones desarrolladas a comunidades indígenas, campesinas y emprendedores, así como los sectores social y privado para el establecimiento de nuevas empresas de alto valor agregado en la industria alimentaria, forestal y farmaceútica.
  5. Fortalecer el desarrollo endógeno, así como la competitividad nacional e internacional de la cadena agroalimentaria microbiana emergente de los HCFM en México.
  6. Rescatar la cultura tradicional sobre los hongos comestibles y ampliar su aportación a la gastronomía mexicana, patrimonio inmaterial de la humanidad. 
  7. Promover la producción intensiva y el consumo nacional de hongos comestibles y sus productos con fines de seguridad alimentaria, aportación a una alimentación saludable para la prevención de enfermedades, terapéuticos, generación de ingreso o empleo, y bioreciclaje de subproductos agrícolas, agroindustriales y forestales.